在京都市，最近发生了一宗离奇案件。一名白发苍苍的老人在寺庙里无意中发现了一张弥生时代的兜牌。可是，他还没有享受到自己的发现，就被人杀害了。作为京都地区的侦探组织，远山和叶侦探事务所被受邀加入了此案调查之中。
通过对现场的勘查，远山和叶侦探事务所分析出来，凶手是个专业的刺客，犯罪经历很丰富。他不仅在现场留下了许多伏笔，还在返回现场时留下了一枚徽章，这种徽章据说只有.net的二次元爱好者才会收集。
通过线索查找，侦探组织发现主犯就住在附近，于是请来了高中生侦探服部平次协助抓捕。在独特的视角下，服部平次很快破获了案件，同时揭开了一个秘密：是因为一份身份证明，凶手才会铤而走险。这份身份证明，表面看起来很普通平凡，但却与历史上的一大发现有着千丝万缕的联系。